従来の公益法人制度から新公益法人制度へ
これまでの公益法人（各市町村にあるシルバー人材や医師会や市町村振興協会，社会福祉法人など)は、平成２０年１２月１日以降は、自動的に特例民法法人（従来の主務官庁が監督し、従来と同等の税制措置を受けることができ、機関・定款・登記の変更等の手続き不要）として存続することになります。
移行期間中は、そのまま有効に存続する機関である理事会、評議員、評議員会と法人法に規定されている理事会、評議 員、評議員会は、同じものではないので、新公益法人制度に移行後は当該機関になるわけではありません。
平成２５年１１月３０日までに、従来の社団法人は一般社団法人か公益社団法人に、従来の財団法人は一般財団法人か 公益財団法人への以降手続きを完了しなければ、解散となってしまいます。
なお、従来の有限責任中間法人は、平成２０年１２月１日以降は、自動的に一般社団法人となり、法人格を持たない任意団 体等は登記のみで法人格の取得（一般社団法人・一般財団法人）が可能となります。その後は、期間の制限なく、公益認 定の申請が可能となります。
また、無限責任中間法人は、平成２０年１２月１日以降は、特例無限責任中間法人として存続し、平成２１年１１月３０日ま でに一般社団法人への移行手続きを完了しなければ、解散となってしまいます。
公益社団法人・公益財団法人への移行のメリット デメリット
メリット
社会的信用
公益認定を受けた法人は「公益社団法人」・「公益財団法人」という名称を独占的に使用することとなり、公益認定を受けていない法人と明確に区別されます。その結果、社会的信用をバックに公益活動や広報活動がしやすくなりますし、下記のメリットと共に寄附等の社会的支援（寄附した方の所得税が控除される恩恵）を受けやすくなります。
寄付を集めやすい（寄付金税制の優遇）
一般の寄付金は、会社などが支出した場合には、その支出額のうち一定の方法で計算した金額までしか経費（損金）として認められませんし、個人が寄付した場合には、その寄付額を所得から控除することはできません。
これに対して、公益社団法人及び公益財団法人は、税法上、いわゆる「特定公益増進法人」に該当し、当該法人に対して行った寄付については、会社などによる寄付の場合には損金算入が別枠で認められ、個人の寄付の場合には、“特定寄付金（いわゆる公共性ないし公益性のある寄付金)”として扱われ、“寄付金控除 ”として所得から控除が認められます。つまり、寄付者にも税制優遇があることから寄付を集めやすくなるというメリットがあります。
個人の寄附の場合
個人が公益法人へ寄付をした場合、確定申告の際に年間所得の40％を限度とし、更に寄付金の合計から5,000円を差し引いた金額を課税所得から差し引くことが出来ます。
法人の寄附の場合
- 一般損金算入限度額
- （資本等の金額×2.5/1,000＋年間所得金額×2.5/100）×1/2
- 特別損金算入限度額
- （資本等の金額×2.5/1,000＋年間所得金額×5/100）×1/2
公益目的事業の非課税
公益認定を受けた法人は、収益を上げたとしても、必ずしも法人税がかかるとは限りません。 まず、公益目的事業から得られる収益は、非課税とされます。
次に、公益目的事業以外の事業（税法上課税対象となる事業として特定している34業種）を行ったとしても、公益事業へ支出をすることで当該金額を損金算入できるので、法人税の課税対象から除外されます。ただし、収益事業等の利益の50％以上を公益目的事業に繰り入れることが条件となります。
つまり、公益目的事業しかしていない法人は、基本的に法人税がかからないというメリットがあります。
デメリット
- 公益目的事業の実施に要する適正な費用を償う額を超える収入を得てはなりません（収支相償の原則）
- 総費用の50％以上を公益目的事業の実施のために使用しなければなりません（公益目的事業比率50％以上）
- 公益目的事業と収益事業等を区分経理した計算書類、事業計画、収支予算書等を提出しなければなりません。
- 毎事業年度、認定基準に適合しているか確認を受けなければなりません。
- 遊休財産が1年分の公益目的事業費相当額を超えることは認められません。
- 公益目的事業財産は、公益目的事業を行うために使用しなければなりません
- 公益認定を取り消された場合、１箇月以内に他の類似の目的を持つ法人などに公益目的取得財産残額を譲渡する旨を定款に定めなければなりません
その他に会計処理が煩雑になり，事務負担が従来以上に増す事が挙げられます。また公益認定の取消の場合のペナルティーは大変厳しいものであり 法の縛りがきついため公益認定を受けた後の運営も気を抜くことができません。
つまり，公益認定を申請するためには，認定後の公益法人の運営を視野に入れつつ，現在の業務の洗い出し，定款の見直しなどの煩雑な作業を行いつつ 全体スケジュールから逆算して作業を進める必要があります。
公益社団法人・公益財団法人への移行
公益認定基準は、「定款の変更案の内容が、法人法・認定法に適合するものであること」「認定法第５条各号に掲げる基準に適合するものであること」の２点です。公益認定は国の公益認定等委員会、都道府県の合議制の機関によりなされます。
現行の公益法人移行のポイントとしては以下のようになります
- 移行期間は５年間、一般もしくは公益法人のどちらかを選択することになる
- 公益法人への移行は会計基準、資産要件、事業目的など厳格な審査でハードルが高い
- 公益法人の認定は期間内は何度チャレンジしてもＯＫ
- 公益法人認定後も厳しい要件がある
- 公益の認定申請と一般の認可申請は同時にできない
- 移行期間満了日までに移行が認められなかったり申請をしなかった法人は解散となる
公益法人認定法第５条に掲げる認定基準
（１）公益目的事業を行うことを主たる目的とするものであること
（２）公益目的事業を行うのに必要な経理的基礎及び技術的能力を有するものであること
（３）当該法人の関係者に対し、特別の利益を与えないものであること
（４）株式会社その他の営利事業を営む者又は特定の個人若しくは団体の利益を図る活動を行う者として政令で定める者に対し、寄附その他の特別の利益を与える行為を行わないものであること（ただし、公益法人に対し、当該公益法人が行う公益目的事業のために寄附その他の特別の利益を与える行為を行う場合は、この限りでない）
（５）公益法人の社会的信用を維持する上でふさわしくないものとして政令で定めるもの又は公序良俗を害するおそれのある事業を行わないものであること
（６）公益目的事業にかかる収入がその実施に要する適正な費用を償う額を超えないと見込まれるものであること
（７）公益目的以外の事業（収益事業等）を行う場合は、公益目的事業の実施に支障を及ぼすおそれがないものであること
（８）公益目的事業の比率が１００分の５０以上となると見込まれること
（９）遊休財産額は、１年分の公益目的事業費相当額を超えないと見込まれるものであること
（10）各理事について、当該理事及びその配偶者又は３親等内の親族である理事の合計数が理事の総数の３分の１を超えないものであること（監事についても同様）
（11）他の同一の団体（公益法人又はこれに準ずるものとして政令で定めるものを除く）の理事又は使用人である者その他これに準ずる相互に密接な関係にあるものとして政令で定める者である理事の合計数が理事の総数の３分の１を超えないものであること（監事についても同様）
（12）会計監査人を置いていること（ただし、毎事業年度における当該法人の収益額、費用及び損失の額その他の政令で定める勘定の額がいずれも政令で定める基準に達しない場合はこの限りでない）
（13）理事、監事及び評議員に対する報酬等について、内閣府令で定めるところにより、民間事業者の役員の報酬等及び従業員の給与、当該法人の経理の状況その他の事情を考慮して、不当に高額とならないような支給基準を定めているものであること
（14）一般社団法人にあっては、次のいずれにも該当するものであること
イ 社員の資格の得喪に関して、当該法人の目的に照らし、不当に差別的な取扱いをする条件その他の不当な条件を付していないものであること
ロ 社員総会において行使できる議決権の数、議決権を行使することができる事項、議決権の行使の条件その他の社員の議決権に関する定款の定めがある場合には、その定めが次のいずれにも該当するものであること
（１）社員の議決権に関して、当該法人の目的に照らし、不当に差別的な取扱いをしないものであること
（２）社員の議決権に関して、社員が当該法人に対して提供した金銭その他の財産の価額に応じて異なる取扱いを行わないものであること
ハ 理事会を置いていること
（15）他の団体の意思決定に関与することができる株式その他の内閣府令で定める財産を保有していないものであること（当該財産の保有によって他の団体の事業活動を実質的に支配するおそれがない場合として政令で定める場合は、この限りでない）
（16）公益目的事業を行うために不可欠な特定の財産があるときは、その旨並びにその維持及び処分の制限について、必要な事項を定款で定めているものであること
（17）公益認定の取消し等の場合、公益目的取得財産残額に相当する額の財産を類似の事業を目的とする他の公益法人等に贈与する旨を定款で定めているものであること
（18）清算をする場合に残余財産を類似の事業を目的とする公益法人等に帰属させる旨を定款で定めているものであること
下記の欠格事由に該当する場合には、公益法人への移行認定を受けることができません
（１）理事、監事、評議員のうちに一定の要件（公益認定を取り消された公益法人の業務を行う理事であって、取消しから５年を経過していない等）に該当する者がいる
（２）定款又は事業計画の内容が法令や行政機関の処分に違反している
（３）事業を行うにあたり法令上必要な行政機関の処分に違反している
（４）国税又は地方税の滞納処分が執行されていたり、滞納処分終了日から３年を経過していない
（５）暴力団員等がその活動を支配している
（６）従来の主務官庁の監督上の命令に違反している
公益目的事業とは、学術、技芸、慈善その他の公益に関する下記に掲げる種類の事業であって、不特定かつ多数の者の利益の増進に寄与するもの
- 学術及び科学技術の振興を目的とする事業
- 文化及び芸術の振興を目的とする事業
- 障害者若しくは生活困窮者又は事故、災害若しくは犯罪による被害者の支援を目的とする事業
- 高齢者の福祉の増進を目的とする事業
- 勤労意欲のある者に対する就労の支援を目的とする事業
- 公衆衛生の向上を目的とする事業
- 児童又は青少年の健全な育成を目的とする事業
- 勤労者の福祉の向上を目的とする事業
- 教育、スポーツ等を通じて国民の心身の健全な発達に寄与し、又は豊かな人間性を涵養することを目的とする事業
- 犯罪の防止又は治安の維持を目的とする事業
- 事故又は災害の防止を目的とする事業
- 人種、性別その他の事由による不当な差別又は偏見の防止及び根絶を目的とする事業
- 思想及び良心の自由、信教の自由又は表現の自由の尊重又は擁護を目的とする事業
- 男女共同参画社会の形成その他のよりよい社会の形成の推進を目的とする事業
- 国際相互理解の促進及び開発途上にある海外の地域に対する経済協力を目的とする事業
- 地球環境の保全又は自然環境の保護及び整備を目的とする事業
- 国土の利用、整備又は保全を目的とする事業
- 国政の健全な運営の確保に資することを目的とする事業
- 地域社会の健全な発展を目的とする事業
- 公正かつ自由な経済活動の機会の確保及び促進並びにその活性化による国民生活の安定向上を目的とする事業
- 国民生活に不可欠な物質、エネルギー等の安定供給の確保を目的とする事業
- 一般消費者の利益の擁護又は増進を目的とする事業
- 前各号に掲げるもののほか、公益に関する事業として政令で定めるもの
申請書類
参考リンク：公益法人協会の提出申請書一覧- 申請書
- 定款及び定款の変更の案
- 事業計画書、収支予算書、財産目録、貸借対照表その他の財務書類
- 役員の報酬支給の基準
- その他、内閣府令で定められるもの
公益認定の為に準備しなければならないこと
参考リンク 公益認定に向けて解説編- 事業区分の洗い直しと区分整理
- 費用面の洗い直しと区分整理 公益目的事業に充てる事業費の比率が50％以上かどうか 理事の報酬の割合が非常に高い場合などは、事業内容を見直す必要があります
- 公益目的事業が公益認定2条の公益目的事業に該当するかのチェック
- 定款の見直しと定款変更案の作成 剰余金を分配しない定め
- 遊休資産の洗い出し，見直し
- 社員、評議員、理事、監事などの構成 親族又は同一の団体の関係者が理事（監事）の３分の１を超えてないかどうか
- 公益認定申請書類の整備
公益認定後
認定を受けた法人は、2週間以内に主たる事務所住所を管轄する法務局で移行の登記を申請する必要があります
公益認定が取り消された場合
- 取り消しの旨の公示
- 公益社団法人又は公益財団法人という文字をそれぞれ一般社団法人又は一般財団法人と変更する定款の変更をしたものとみなす
- 当該公益認定の取消しの日から一箇月以内に類似の事業を目的とする他の公益法人等に贈与する
